ด้วยความก้าวหน้าทางการแพทย์ในปัจจุบัน มะเร็งปากมดลูกและโรคร้ายต่างๆ ที่เกิดจากการติดเชื้อเอชพีวี สามารถป้องกันได้ด้วยการฉีดวัคซีน ซึ่งเป็นการตัดไฟตั้งแต่ต้นลม การฉีดวัคซีนป้องกันเชื้อเอชพีวีจึงสามารถฉีดได้ทั้งในเด็กหญิงและเด็กชายตั้งแต่อายุ 9 ปีขึ้นไป โดยปัจจุบัน เด็กอายุตั้งแต่ 9-15 ปี สามารถรับวัคซีนได้เพียง 2 เข็ม (อายุ 15 ปีขึ้นไป รับ 3 เข็ม) ซึ่งทำให้เด็กๆเจ็บตัวน้อยลง และยังประหยัดเงินในกระเป๋าของคุณพ่อคุณแม่
ปัจจุบันมีวัคซีนป้องกันมะเร็งปากมดลูก 2 ชนิด ได้แก่ วัคซีน 2 สายพันธุ์ และ 4 สายพันธุ์ หลายๆ ประเทศ ได้กำหนดนโยบายให้วัคซีนป้องกันเชื้อเอชพีวีเป็นวัคซีนพื้นฐาน โดยวัคซีนชนิด 4 สายพันธุ์ ได้รับเลือกให้ใช้ในโครงการวัคซีนแห่งชาติในประเทศต่างๆ กว่าร้อยละ 80 เช่น สหรัฐอเมริกา ออสเตรเลีย อังกฤษ รวมทั้งประเทศในอาเซียน เช่น บรูไน อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์ เนื่องจากวัคซีนชนิดนี้สามารถป้องกันโรคได้อย่างครอบคลุมทั้ง มะเร็งปากมดลูก มะเร็งช่องคลอด มะเร็งปากช่องคลอด มะเร็งทวารหนัก และหูดหงอนไก่ในผู้หญิง อีกทั้งยังป้องกันมะเร็งทวารหนักและหูดหงอนไก่ในผู้ชายได้อีกด้วย และจากการติดตามประสิทธิผลถึง 10 ปี พบว่าสามารถลดการติดเชื้อเอชพีวีได้ถึงร้อยละ 90 และลดการเกิดรอยโรคก่อนมะเร็งได้ถึงร้อยละ 85
สมาคมโรคติดเชื้อแห่งประเทศไทย แนะนำการฉีดวัคซีนเอชพีวีในผู้หญิงอายุระหว่าง 9-26 ปี โดยฉีด 3 เข็ม ในเดือนที่ 0, 1-2 และ 6 สำหรับในวัยรุ่นที่แข็งแรงดี หากฉีดเข็มแรกก่อนอายุ 15 ปี ให้ฉีด 2 เข็มได้ในเดือนที่ 0 และ 6-12 สำหรับการฉีดในเด็กผู้ชาย พิจารณาให้ฉีดเฉพาะชนิด 4 สายพันธุ์ ในช่วงอายุ 9-26 ปี และเพื่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด การฉีดวัคซีนเอชพีวีควรฉีดตั้งแต่ก่อนเริ่มมีเพศสัมพันธ์ครั้งแรก อย่างไรก็ดี ผู้ที่เคยมีเพศสัมพันธ์แล้วยังสามารถรับวัคซีนได้ แต่วัคซีนอาจจะมีประสิทธิภาพลดลงหากเคยติดเชื้อเอชพีวีมาก่อน อย่างไรก็ดี วัคซีนยังคงให้ประโยชน์ในการป้องกันโรคจากสายพันธุ์อื่นที่มีในวัคซีนและยังไม่เคยติดเชื้อจากสายพันธุ์ดังกล่าวมาก่อน